「残留農薬基準」といって、農作物ごとに残留していても安全な量が食品衛生法に基づき決められています。残留農薬基準を超過した農作物は、国産・輸入を問わず流通が禁止されています。

畑などにまかれた農薬は、日光に当たったり、土の中にいる微生物などによって分解されていきます。ほとんどの農薬はこのようにして10日前後で半分に減ります。土壌中で量が半分になる期間（半減期）が1年以上のものは、農薬として登録できません。

農薬は、農薬取締法に基づき厳しい検査を経て、使用者・消費者に対する安全性や環境影響が確認されています。そこで問題がないとされたものだけが、農林水産大臣によって登録され、販売・使用が認められます。   

  残留農薬の検査は、国や都道府県などが毎年行っており、検出率、違反率ともに近年はほぼ同レベルで推移しています。

  各種長期毒性試験で求められた無毒性量（実験動物に何ら影響の出ない農薬の量：NOAEL）を基礎として、人と動物との違いなども考えたうえ、通常1/100の安全係数をかけて、人が一生涯毎日摂取し続けても安全な農薬の量（一日摂取許容量：ADI）が決められます。
この一日摂取許容量をもとにして、日本人が平均的に食べる一日当りの農産物の種類・量とその農薬の残留実態から、農産物ごとに許容できる農薬の残留量が決められます。
これを残留農薬基準といい、これらのしくみにより農産物の安全性は確保されています。

残留基準と安全使用基準設定の流れは下表の通りです。

  厚生労働省がとりまとめた平成11年度検査結果（平成14年度公表）では、293農薬について39万2415件（国産品19万8244件、輸入品19万4171件）の検査が行われましたが、ほとんどの検査で農薬は検出されませんでした。
基準値をオーバーした違反件数は、国産品で21件、輸入品で35件、合計56件でした。（注）
この結果について厚生労働省では、「わが国で流通している農産物における農薬の残留レベルは極めて低い」と結論付けています。

注）平成13年度版食品中の残留農薬「平成11年度　食品中の残留農薬検査結果」
（発行(社）日本食品衛生協会）

  厚生労働省は、実際に流通している食品を通常の調理法で調理した後で、一日当たり摂取するであろう農薬量を調査しています。
それによると、いくつかの農薬は調理後の食事から検出されましたが、その量はごく微量で、一日摂取許容量（ADI）の1%未満〜1%台にとどまるものが多くをしめました。（注）
この調査結果から、食事により摂取する残留脳薬量は非常に少なく、私たちの健康に影響を与えるレベルではないと考えられています。

注）平成13年度版　食品中の残留農薬平成12年度　食品中の残留農薬の1日摂取量調査結果
（発行（(社）日本食品衛生協会）

  体内に入った農薬は、胃腸や肝臓で分解され、体外に出てしまいます。
農薬を登録する際の検査では、農薬が動物体内で、どのように代謝されて体外に出ていくかについても詳しく調べられ、安全性が確認されたもののみが登録・販売･使用されます。
かつては、分解しにくく環境中に長期間残留しやすいなど、問題になった農薬もありましたが、これらはすでに使用が禁止されています。
また、複数の農薬による相乗的な作用についての名古屋市立大学の伊東信行名誉教授の実験結果では、「動物実験で、一日摂取許容量（ADI）のレベルで20農薬を同時に投与しても、相乗毒性と呼ばれるような影響はなかった」と報告されています。